こんばんわ。
誤解があるとあれなので断っておきますが、
さくらのレンタルサーバーで
owncloud6を入れた状態で、
管理画面からowncloud6.0.1にアップデートしたら、
途端に動かなくなりました。

あははははは…

さてどうしたものか…
普通にインストールだけであれば、
過去のインストール方法を見ながらでも行けます。

単に.htaccess関連なのか、わかりませんが、
ちょっと注意が必要です。